sbt cleanで消してほしくないファイルを指定する。

xsbt-start-script-plugin で sbt stage して作った target/start が clean したら消えちゃいましたよ。みたいなことを防げます。

 cleanKeepFiles += new File("target/start")

https://github.com/harrah/xsbt/blob/v0.11.2/main/Keys.scala#L113-114
↑ほとんどリファレンスですね。